الأقسام:
1- المركز الوطني للتيقظ والسلامة الدوائية
هو مركز مسؤول عن متابعة سلامة المستحضرات الصيدلانية بعد تسويقها و الكشف عن الأعراض الجانبية وتقييمها ووضع الحلول المؤدية لمنعها وينقسم المركز الى أربعة أقسام رئيسية ذات أنشطة متنوعة هدفها تحقيق السلامة الدوائية وهي :
 
- قسم جمع البيانات :
يختص هذا القسم باستقبال بلاغات الأعراض الجانبية من مصادر مختلفة مثل شركات الأدوية و الممارسون الصحيون و افراد المجتمع ثم يقوم القسم بمعالجة هذه البلاغات عن طريق إدخالها في قاعدة البيانات الخاصة بالمركز و تقييمها. كما يقوم القسم بالتواصل مع العديد من الجهات الصحية الرسمية بغرض المتابعة او طلب معلومات إضافية بخصوص بلاغات الأعراض الجانبية. بالإضافة الى قيام القسم بمتابعة شركات المستحضرات الصيدلانية واستيفائها لشروط مسؤول التيقظ الدوائي ونائبه حسب قوانين وأنظمة الهيئة العامة للغذاء والدواء. كما يوم القسم برفع بلاغات الأعراض الجانبية المحلية ومشاركتها مع قاعدة بيانات منظمة الصحة العالمية.
 
- قسم كشف الإشارة :
الإشارة هي معلومة تنشأ من مصادر مختلفة، تقترح علاقة سببية جديدة بين دواء محدد واثر جانبي معين, و التي تكون كافية لاتخاذ اجراء معين. ويقوم هذا القسم بالمسح الدوري في كافة المصادر ذات العلاقة للكشف عن الإشارات ومراجعتها من خلال اعداد تقارير التحقق من صحة هذه الإشارات ومدى تأثيرها إكلينيكياً و التواصل مع الشركات المسوقة للمستحضرات الصيدلانية المسجلة فيما يتعلق بالإشارات المكتشفة واتخاذ الإجراءات اللازمة التي تضمن استمرار مأمونية استخدام المستحضرات الدوائية المسوقة.
 
- قسم تقارير السلامة الدورية المحدثة :
تقرير السلامة الدورية هو ملف تنظيمي يحتوي على معلومات دقيقة وشاملة عن مأمونية وفاعلية المستحضر الدوائي يتم جمعها من قبل الشركات الدوائية للمستحضر خلال فترة محددة (3 سنوات على سبيل المثال) ، وتقوم الهيئة العامة للغذاء والدواء بطلب هذه التقارير ومراجعتها بشكل دوري وفي حال الضرورة يتم اتخاذ بعض الإجراءات التي تضمن استمرار  مأمونية وفاعلية المستحضر  في السوق  السعودي.
 
- قسم تحليل المخاطر :
يقوم القسم بالتواصل بشكل مستمر مع الشركات لطلب خطط تقليل المخاطر الخاصة بالمستحضرات الدوائية سواء قبل او بعد تسويق المستحضر بغرض مراجعة واعتماد هذه الخطط والتي عادة ما تكون عبارة عن مواد تعليمية وإجراءات احترازية تطبق على بعض الأدوية لتقليل فرصة ظهور الاعراض الجانبية التي قد تسببها هذه الادوية، وكذلك المساهمة في الاستخدام الأمثل للدواء.
 
2- إدارة تحليل المخاطر والمنافع
هي إحدى الإدارات التابعة للإدارة التنفيذية للتيقظ وتحليل المخاطر والمنافع، وهي مسؤولة عن تقييم فعالية ومأمونية المستحضرات الجديدة المقدمة للتسجيل أو التغيير لدى الهيئة العامة للغذاء والدواء سواء كانت مستحضرات كيميائية، أو حيوية أو متشابهات صحية أو منتجات صحية . كما أنها مسؤولة أيضا عن مراجعة وتحديث ملفات معلومات المستحضرات الصيدلانية (SPC/PILs) باللغتين العربية والانجليزية المقدمة للتسجيل أو التغيير أو التجديد. كما تقوم الإدارة بالتنسيق والتعاون مع الأقسام داخل الهيئة مثل قسم تقارير السلامة الدوائية وإدارة المعايير وخارج الهيئة مثل الجهات الحكومية وغيرها من المستشفيات أو الجمعيات الطبية فيما يخص الرد على استفسارات أو استشارات معينة بخصوص فعالية ومأمونية المستحضرات المسجلة في السوق المحلية.
 
3- إدارة الأخطاء الدوائية
تقوم ادارة الأخطاء الدوائية بتقييم أسماء المستحضرات الصيدلانية المقترحة للتسجيل أو أعادة التسجيل ومعرفة مدى خطورتها في إحداث خطأ نتيجة للتشابه بالشكل أو النطق بالإضافة الى مراجعة التصاميم المقترحة للمنتج والعلامات المقترحة والتغليف الخارجي الذي قد يساهم في حدوث الأخطاء الدوائية. كما تقوم الإدارة بإدخال وتحليل جميع البلاغات المتعلقة بالأخطاء الدوائية, واتخاذ اللازم تجاهها و التواصل مع شركات الأدوية أو من ينوب عنهم (وكلاء الأدوية) والاتصال بالمختصين الصحيين ومؤسسات الرعاية الصحية ذات الصلة بالأخطاء الدوائية. كما تقوم الإدارة بمراجعة الأخطاء الدوائية بعد التسويق وتحليلها لمعرفة الأسباب الجذرية المؤدية لها.